กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์
Department of Medical Sciences
   
         
   

นวัตกรรม
      Adapting the geno2pheno[coreceptor] tool to HIV-1 subtype CRF01_AE by phenotypic validation using clinical isolates from South-East Asia (ภาษาไทย),Adapting the geno2pheno[coreceptor] tool to HIV-1 subtype CRF01_AE by phenotypic validation using clinical isolates from South-East Asia (ภาษาอังกฤษ)

รายละเอียด


Objectives: Geno2pheno[coreceptor] is a widely used tool for the prediction of coreceptor usage (viral tropism) of HIV-1 samples. For HIV-1 CRF01_AE a significant overcalling of X4-tropism is observed when using the standard settings of Geno2pheno[coreceptor]. The aim of this study was to provide the experimental backing for adaptations to the geno2pheno[coreceptor] algorithm in order to improve coreceptor usage predictions of clinical HIV-1 CRF01_AE isolates Study design: V3-sequences of 20 clinical HIV-1 subtype CRF01_AE samples were sequenced and analyzed by geno2pheno[coreceptor]. In parallel coreceptor usage was determined for these samples by replicative phenotyping in human cells in the presence of specific X4- or R5-inhibitors. Results: The sole introduction of the CRF01_AE V3 region into a full-length otherwise subtype B provirus failed to produce replication-competent viral progeny. A successive genome-replacement strategy revealed that also CRF01_AE derived gag and pol sequences are necessary to generate HIV genomes with sufficient replication competence. Subsequent phenotypic analysis confirmed overcalling of X4-tropism for CRF01_AE viruses using the current version and the standard cut-off at 10% false positive rate (FPR) of geno2pheno[coreceptor]. Lowering the FPR cut-off to 2.5% reduced the X4-overcalling in our sample collection

ผู้รับผิดชอบหลัก


 

หน่วยงาน


นางสิริพรรณ แสงอรุณ สำนักมาตรฐานห้องปฏิบัติการ

 พัฒนาจากผลงาน


 การใช้ประโยชน์


ลำดับประเภทการใช้ประโยชน์ผู้ได้รับประโยชน์รายละเอียดการใช้ประโยชน์ระยะเวลา

 รางวัลที่ได้รับ




ฐานข้อมูลองค์ความรู้ เทคโนโลยีและนวัตกรรม
กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์
http://innovation.dmsc.moph.go.th
ข้อมูล ณ วันที่:๕ ธ.ค. ๒๕๖๕